Foi fundada em 29 de Fevereiro de 1829 (178 anos) por Felipe Fernandes, e elevada à categoria de município em 24 de dezembro de 1948, pela Lei nº 233 de 10 de abril de 1949, quando tomou posse o seu primeiro prefeito, Olympio Adorno Vassão.
O nome Juquiá, em Tupi-guarani, significa rio sujo e armadilha para pescar peixe.
Juquiá fica localizado entre São Paulo e Curitiba, fazendo divisas com Miracatu, Sete Barras, Registro e Iguape.
A cidade também é cortada por três rios: O rio Juquiá que deságua no rio Ribeira do Iguape e que se origina nos Rios Juquiá-Guaçu, Assungüi e São lourenço, ambos no município de Juquiá. A cidade também possui duas represas de grande porte sendo a do Iporanga no bairro Iporanga e a do alecrim no bairro Juquiá-guaçu, todas pertencentes a usina hidrelétrica CBA.
A economia do município provém-se da piscicultura, pecuária e agricultura em pequena escala.
